Le territoire de Saint-Eusèbe faisait autrefois partie de la Seigneurie de Madawaska achetée par Charles Aubert de la Chesnaye. Cette seigneurie connut plusieurs propriétaires successifs jusqu'au moment ou, en juin 1802, Jenkins Williams la vendit au seigneur de la Rivière-du-Loup, Alexandre Fraser, qui en conserva la propriété jusqu'en 1835. Stephen Cunnings l'acquit alors et s'adonna principalement au commerce du bois. Ce ne fut que vers le milieu du XIXe siècle que le territoire s'ouvrit vraiment à la colonisation.

Ce territoire était peuplé depuis fort longtemps d'Amérindiens qui remontaient à Tadoussac pour s'y livrer au commerce des fourrures avec les Blancs. Ces Amérindiens y cessèrent toutefois leurs pérégrinations à l'arrivée de la Chesnaye et, utilisant toujours le Portage du Témiscouata, se contentèrent d'échanger avec ce nouvel intermédiaire. Cette route acquit vite une valeur stratégique.

C'est dans ce contexte qu'apparaît le Fort Ingall dont l'objectif est d'arrêter l'expansionnisme américain. C'est la timide amorce d'un mouvement colonisateur qui déferle bientôt : entre 1869 et 1885, quatre paroisses apparaissent le long du chemin du Portage. Cette pénétration du territoire, accentuée par la construction de la voie ferrée au tournant du siècle, est aussi marquée par la naissance de paroisses dans la région sud du Témiscouata.

Cherchant à s'établir, des fils de colons de ces paroisses nées avec le chemin de fer de même que des gens des environs de Fraserville et de Kamouraska viennent, au début de la décennie 1880, s'installer sur les terres de la Couronne dans la partie mérionale du comté.

Saint-Eusèbe fut érigé canoniquement en 1906. Le nom de la municipalité a été donné en l'honneur de Monsieur Eusèbe Sénéchal, en reconnaissance de sa bonté d'avoir logé le prêtre de la paroisse en ce temps. La forêt, très présente sur le territoire, a contribué à la naissance de Saint-Eusèbe.